Öffentlicher Code rund um einen GA4GH-orientierten Stack. Konformitätstests, reproduzierbare Demos, quelloffene Infrastruktur—plus klare Lizenz-Einordnung.
Kurz für Entscheider:innen
Warum das relevant ist, wenn du nicht im Stack steckst
Kurzer Kontext in Alltagssprache. GA4GH in einem Satz. Kurz, wie Inklusion zu uns passt. Der Rest der Seite bleibt technisch vollständig.
Öffentliche Repositories und das Whitepaper sind unser Nachweis ernsthafter Technik—auch bevor eine lange Referenzliste von Kund:innen existiert: reproduzierbare Demos, Konformitätstests und klare Lizenzen.
Was ist GA4GH?
Die Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH) ist eine internationale Initiative, die gemeinsame technische Schnittstellen für genomische Daten und Analysen definiert. Partner schließen sich unter klaren Verträgen an, statt jede Verbindung einzeln neu zu bauen.
Synaptic Four verbindet sorgfältige Technik mit einem echten, gelebten Engagement für Neurodiversität und Inklusion von Menschen im Autismus-Spektrum. Das gehört zu unserer DNA—nicht als Marketing-Anhängsel neben der Technik. Mehr dazu: Über uns Autismus
Wir trennen bewusst zwischen Lizenzen, die der gängigen Open-Source-Definition (OSI) entsprechen, und Modellen, bei denen der Code öffentlich ist, aber die Nutzung eingeschränkt ist.
Lizenzen wie Apache-2.0 oder MIT gelten weithin als echtes Open Source: Quellcode öffentlich, Weiternutzung und Änderungen innerhalb der Lizenzbedingungen. HelixTest, ga4gh-infra, Ferrum GA4GH Demo, GA4GH Community Stack und HELIOS stehen unter Apache-2.0 oder MIT.
Die Business Source License ist kein „Open Source“ nach OSI-Definition: Der Code ist sichtbar und für definierte Nutzungen (z. B. nicht-kommerzielle Forschung) oft frei nutzbar; kommerzielle Nutzung ist jedoch eingeschränkt oder später erst freigegeben. Ferrum, Ferrum Lab Kit und Solum veröffentlichen wir unter BUSL-1.1 – transparent und prüfbar, aber strategisch anders lizenziert als Apache-2.0.
Kommerzielle Produkte (z. B. Ferrum, Solum, BioResearch Assistant) können unter BUSL oder anderen Modellen stehen; maßgeblich sind immer die LICENSE-Datei im jeweiligen Repository und die Produktseite.
Ferrum, ga4gh-infra, Ferrum Lab Kit, Ferrum GA4GH Demo und HelixTest bilden eine GA4GH-orientierte Plattform: Identity (Passports, DUO), Daten/Compute (DRS, WES, TES, TRS, Beacon, htsget, Crypt4GH), Deploy-On-Ramps, reproduzierbare Benchmarks und CI-Konformität. Der GA4GH Community Stack (MIT) bietet eine transparente Upstream-Alternative für Lehre und Piloten.
Eigenständige Rust-Konformitäts- und Integrationssuite für GA4GH-orientierte Plattformen: API-Verträge (WES, TES, DRS, TRS, Beacon v2, htsget), Workflow-Ausführung, Cross-Service-E2E (TRS → DRS → WES → TES → Beacon), Passports und Crypt4GH-orientierte Checks—nutzbar für jede kompatible Plattform, nicht nur Ferrum. Ergebnisse sind ein technisches Signal, keine offizielle GA4GH-Zertifizierung.
GitHub →Self-hostbare Rust-Identity-Ebene für GA4GH: OIDC-Brokering, Passport/Visa-Ausstellung, Access Decisions (ADS), DUO-Matching und Service Registry. Co-Deploy mit Ferrum; native ARM/Pi-Builds für Edge-Settings.
GitHub →Reproduzierbare Demo und Benchmark: Ein Kommando startet Ferrum mit TRS · DRS · WES · TES auf einem kleinen GIAB-ähnlichen Subset, danach hap.py gegen Truth. Strukturierte JSON-Evidenz (Benchmark, Metrics, DRS-Mikro: Plain vs. Crypt4GH-at-Rest). Optional Co-Deploy mit ga4gh-infra. HELIOS / Solum / Evidence Packs sind Showcase-Stufen — nicht diese Demo. Apache-2.0; Ferrum-Upstream bleibt BUSL-1.1.
GitHub →Integrierte, on-premise-first GA4GH-Runtime in Rust (DRS, WES/TES, TRS, Beacon, htsget, Passports, Crypt4GH, MII-Connect-Pfade). Quellen verfügbar unter BUSL-1.1; HelixTest und Demos sind technische Signale, keine offizielle GA4GH-Zertifizierung.
GitHub →On-Ramp zu Ferrum: selektive GA4GH-Oberflächen (Monolith-Gateway + ENABLE-Flags) für Labore, ELIXIR-Knoten-Kandidaten und GDI—gegen deine Storage-, Scheduler- und Identity-Umgebung. Optional ga4gh-infra-Co-Deploy und Solum-Consent-Begleiter; portables Raspberry-Pi-Kit (`lab-kit generate raspberry-pi`). Ergänzt das Hauptrepository Ferrum; JSON-Konformitätsreports sind offen, lizenzierte PDF-Ausgabe siehe Repo.
GitHub →Klinische EHDS-Compliance-Schicht (Stufe 1): durchsetzen, übersetzen, belegen—eigenständig oder optionaler Ferrum-Begleiter. Quellen verfügbar unter BUSL-1.1; frühe Entwicklung, kein rechtliches Compliance-Zertifikat.
GitHub →Kuratiertes Open-Source-GA4GH-Deployment-Kit aus Upstream-Implementierungen (Beacon, WES, TES, DRS) mit ehrlichem Vergleich zum Ferrum Lab Kit. Für Lehre, Piloten und Teams mit maximalem Upstream-Transparenz-Bedarf.
GitHub →Genomics-Pipeline-Audit und Validierung: signierte Laufaufzeichnungen, compliance-orientierte Checks, JSON/PDF/RO-Crate-Exporte. Kern OSS unter Apache-2.0 (Alpha — Installation aus dem Quellcode; PyPI helios-audit sobald veröffentlicht); Synaptic Four verkauft Support und optionales Dashboard-Hosting separat—siehe Produktseite. Keine Zertifizierung.
GitHub →Offener Forschungsprototyp: adaptiver, nicht-diagnostischer Fragebogen mit zehn kontinuierlichen Routing-Dimensionen (F–V), Consent-first-Flows, mehrsprachigen Texten, optionaler Supabase-Protokollierung für Studien sowie optionalen Forschungs-Exporten (z. B. Sitzungs-Bundles, Papier/CSV-Replay, offline-freundliche statische Bank). Das Repository enthält optional größere Fragenpools (~200 Items) mit regionalem Fragewortlaut, sofern konfiguriert; Betreiber:innen setzen einen expliziten Adaptiv-Modus, und ein dokumentierter Forschungsmodus lenkt Studien auf vollständige Sitzungsartefakte statt komprimierter URL-Freigaben. Öffentliche Instanz: map.synapticfour.com. Persönliches Projekt—kein kommerzielles Synaptic-Four-Produkt; siehe Forschungsnotiz unter Publikationen.
GitHub →On-Premise-Forschungsplattform: Literaturrecherche, Pseudonymisierung, MII/FHIR-Export, GA4GH-Schnittstellen, optionales Locus-RAG, BLAST, ELN und FAIR-Export. Repository-Zugang auf Anfrage; kommerzielle Produktivnutzung erfordert Lizenz gemäß LICENSE.
Repository-Zugang anfragen →Peer-to-Peer-Mesh-Nachrichten wenn zentrale Infrastruktur ausfällt — ohne Telefonnummer, Offline-WiFi/BLE, frühe private Beta. Android-App und Relay; AGPL-3.0 — Repository-Zugang auf Anfrage.
Repository-Zugang anfragen →Apache-2.0-Proof-of-Concept für sichere Kollaborationsmuster. Explizit nicht produktionsreif für Patientendaten; Repository erkunden, nicht als klinisches Produkt behandeln.
GitHub →Software, die das Cognitive Landscape Research Programme (CLRP) umsetzt. Technische Dokumentation liegt in den Repositories; CLRP definiert Programmprinzipien und Validierungsstandards.
Adaptive web research instrument
Computational model library
Programmverfassung und Validierungsberichte: Forschungsprogramm-Hub .
Weitere Repositories auf GitHub: NeuroAttune (Zugang auf Anfrage), Mycelium (AGPL-3.0-Mesh), SynaptiSec (Quelle nach Absprache; lebende App in Synaptic Products mit Allowlist-Google-Login — keine öffentliche Sandbox). SecureCollab steht oben als gekennzeichnete PoC-Karte.
gatk-rs — frühe öffentliche Apache-2.0-Rust-Arbeit zu GATK-ähnlichem Germline-Calling; unabhängig, Alpha. Beleg für die Arbeitsweise, kein Produkt.
Ferrum: GA4GH-orientierte Infrastruktur aus ersten Prinzipien—Motivation, Architektur, HelixTest-Validierung, reproduzierbare GA4GH-Demo-Benchmarks und unsere Arbeitsweise (inkl. transparenter KI-unterstützter Entwicklung).
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