Code public pour quatre produits, deux outils open source gratuits, et les compagnons livrés avec Ferrum. Outils de conformité, démos reproductibles, licences claires — pas un produit suite.
Pour les décideurs et décideuses
Pourquoi cette page compte si vous n’êtes pas dans la pile
Contexte court et clair. GA4GH en une phrase. Comment l’inclusion nous concerne. Le reste de la page garde la profondeur technique.
Nos dépôts publics et le livre blanc montrent une ingénierie sérieuse avant une longue liste de références clients : démos reproductibles, outils de conformité et licences claires.
Qu’est-ce que GA4GH ?
Le Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH) est une initiative internationale qui définit des interfaces techniques communes pour les données génomiques et les analyses. Les partenaires se connectent avec des contrats clairs au lieu de refaire une intégration sur mesure pour chaque lien.
Synaptic Four associe une ingénierie exigeante à un engagement explicite et vécu envers la neurodiversité et l’inclusion des personnes autistes. Cela fait partie de notre identité — pas un ajout marketing à l’histoire technique. En savoir plus : À propos Autisme
Nous distinguons les licences qui correspondent à la définition Open Source courante (OSI) des modèles où le code est public mais l’usage est restreint.
Des licences comme Apache-2.0 ou MIT correspondent à ce que beaucoup entendent par vrai open source : code public, réutilisation et modification dans les termes de la licence, alignement avec la définition OSI. HelixTest, ga4gh-infra, démo GA4GH Ferrum, GA4GH Community Stack et HELIOS utilisent Apache-2.0 ou MIT.
La Business Source License n’est pas « open source » au sens OSI : le code est visible et souvent gratuit pour des usages définis (p. ex. recherche non commerciale), tandis que l’usage commercial est restreint ou n’est débloqué qu’après une période. Nous publions Ferrum, Ferrum Lab Kit, Solum et BioResearch Assistant sous BUSL-1.1 — transparent et inspectable, mais stratégiquement différent d’Apache-2.0.
Les produits commerciaux (p. ex. Ferrum, Solum, BioResearch Assistant) peuvent utiliser BUSL ou d’autres modèles ; le fichier LICENSE de chaque dépôt et la page produit font foi.
Ferrum (données/calcul, BUSL), GA4GH Infra (identité, Apache-2.0 — logiciel libre ; le commercial est le support), Solum (couche clinique, BUSL), BioResearch Assistant (atelier, BUSL). La colle est GA4GH, plus Solum lorsque la clinique rencontre la génomique. HelixTest et HELIOS sont des outils open source gratuits. Lab Kit et ferrum-meta viennent avec Ferrum. Les démos prouvent une version taguée en local — ce ne sont pas un produit. Le GA4GH Community Stack (MIT) est une alternative upstream transparente pour l’enseignement et les pilotes.
Suite Rust autonome de conformité et d’intégration pour plateformes de style GA4GH : contrats d’API (WES, TES, DRS, TRS, Beacon v2, htsget), exécution de workflows, E2E inter-services (TRS → DRS → WES → TES → Beacon), Passports et contrôles orientés Crypt4GH. Utilisable par toute pile compatible — pas seulement Ferrum. Les résultats sont un signal technique, pas une certification GA4GH officielle.
GitHub →Plan d’identité Rust auto-hébergeable pour GA4GH : courtage OIDC, émission Passport/Visa, décisions d’accès (ADS), appariement DUO et Service Registry. Co-déploiement avec Ferrum ; builds ARM/Pi natifs pour l’edge.
GitHub →Démonstration et benchmark reproductibles : une commande lance Ferrum TRS · DRS · WES · TES sur un petit sous-ensemble de type GIAB, puis hap.py par rapport à la vérité. Preuves JSON structurées (benchmark, metrics, micro DRS : clair vs Crypt4GH au repos). Co-déploiement optionnel avec ga4gh-infra. HELIOS / Solum / evidence packs sont des étapes Showcase — pas cette démo. Apache-2.0 ; Ferrum en amont reste BUSL-1.1.
GitHub →Runtime GA4GH intégré, pensé d’abord pour un déploiement sur site, en Rust (DRS, WES/TES, TRS, Beacon, htsget, Passports, Crypt4GH, chemins MII Connect). Code source disponible sous BUSL-1.1 ; HelixTest et les démos sont des signaux techniques, pas une certification GA4GH officielle.
GitHub →Rampe d’accès à Ferrum : surfaces GA4GH sélectives (passerelle monolithique + flags ENABLE) sur votre stockage, ordonnanceur et pile d’identité. Les profils full-elixir-node et gdi-national-node sont des stubs d’onboarding, pas un nœud ELIXIR ou GDI vivant. Co-déploiement ga4gh-infra optionnel et compagnon de consentement Solum ; générateur de kit Raspberry Pi (`lab-kit generate raspberry-pi`). Complète le dépôt Ferrum principal ; les rapports de conformité JSON sont ouverts, la sortie PDF sous licence voir le dépôt.
GitHub →Schéma de métadonnées génomiques indépendant des archives pour nœuds Ferrum (cœur LinkML + profils d’archive). Accès anticipé, schéma seulement. validate contrôle le YAML contre le schéma. export copie une fixture commitée (shutil.copyfile) — il ne parle pas à Ferrum, ne liste pas d’objets DRS et n’envoie rien vers EGA/GHGA.
GitHub →Couche de conformité clinique EHDS (étape 1) : faire appliquer, traduire, prouver — autonome ou compagnon Ferrum optionnel. Source disponible sous BUSL-1.1 ; développement précoce, pas un certificat de conformité juridique.
GitHub →Kit de déploiement GA4GH open source curaté à partir d’implémentations upstream (Beacon, WES, TES, DRS) avec comparaison honnête au Ferrum Lab Kit. Pour l’enseignement, les pilotes et les équipes voulant une transparence upstream maximale.
GitHub →Audit et validation de pipelines génomiques : enregistrements d’exécution signés, contrôles orientés conformité, exports JSON/PDF/RO-Crate. Cœur OSS sous Apache-2.0 (alpha). PyPI publie helios-audit 0.1.1 ; GitHub main peut être en avance. HELIOS lit du JSON d’export — il n’orchestre ni Ferrum ni Solum. Synaptic Four vend séparément du support et un hébergement de tableau de bord optionnel. Pas une certification.
GitHub →Evidence pack public et checkout de pins pour les dépôts Ferrum / GA4GH. Référence / démo — pas un produit. Le golden path par défaut est un sous-ensemble (Ferrum-GA4GH-Demo + HELIOS). Un job fixture vert n’est pas une preuve live de product main.
GitHub →Prototype de recherche ouvert : questionnaire adaptatif non diagnostique avec dix dimensions de routage continues (F–V), flux avec consentement, textes multilingues, journalisation Supabase optionnelle pour les études, et exports orientés recherche (p. ex. paquets de session, rejouage papier/CSV, banque statique hors ligne). Le dépôt inclut aussi des banques d’items plus grandes (~200 incitations) avec paquets de formulations régionaux lorsque c’est configuré ; les exploitants fixent une politique adaptative explicite, et un mode recherche documenté oriente les études vers des artefacts de session complets plutôt que vers des partages d’URL compressés. Instance publique : map.synapticfour.com. Projet personnel — pas un produit commercial Synaptic Four ; voir la note de recherche sous Publications.
GitHub →Plateforme de recherche sur site : exploration documentaire, pseudonymisation, export MII/FHIR, interfaces GA4GH, module Locus RAG optionnel, BLAST, ELN et export FAIR. Dépôt GitHub public (BUSL-1.1) ; usage commercial en production soumis à licence selon LICENSE.
GitHub →Messagerie en maillage LAN et appareils proches — sans numéro de téléphone, WiFi/BLE hors ligne. Bêta technique ; pas un substitut aux services d’urgence. Application Android et relais ; AGPL-3.0 — accès au dépôt sur demande.
Demander l’accès au dépôt →Preuve de concept Apache-2.0 pour des motifs de collaboration sécurisée. Explicitement pas prêt pour des données patient en production ; explorez le dépôt, ne le traitez pas comme un produit clinique.
GitHub →Logiciels qui mettent en œuvre le Cognitive Landscape Research Programme (CLRP). La documentation technique est dans chaque dépôt ; CLRP définit les principes du programme et les normes de validation.
Adaptive web research instrument
Computational model library
Constitution du programme et rapports de validation : Hub du programme de recherche .
D’autres dépôts sur GitHub : NeuroAttune (tests Dart ; hôtes non livrés ; accès sur demande), Mycelium (maillage AGPL-3.0 ; accès sur demande), SynaptiSec (source sur arrangement ; application vivante dans Synaptic Products avec démo sandbox publique plus Vollzugang Google sur allowlist). SitePulse AI et AZAV-Akte sont des apps commerciales sur le hub Synaptic Products, pas des produits GitHub séparés. SecureCollab apparaît ci-dessus comme carte PoC étiquetée.
gatk-rs — travail Rust Apache-2.0 public et précoce sur l’appel germline de classe GATK ; indépendant, alpha. Preuve d’approche, pas un produit.
Ferrum : construire une infrastructure orientée GA4GH comme pratique de premiers principes — motivation, architecture, contrôles HelixTest, benchmarks de la démo GA4GH, et notre façon de travailler (y compris ingénierie assistée par IA transparente).
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