Öffentlicher Code rund um einen GA4GH-orientierten Stack. Konformitätstests, reproduzierbare Demos, quelloffene Infrastruktur—plus klare Lizenz-Einordnung.
Kurz für Entscheider:innen
Warum das relevant ist, wenn du nicht im Stack steckst
Kurzer Kontext in Alltagssprache. GA4GH in einem Satz. Kurz, wie Inklusion zu uns passt. Der Rest der Seite bleibt technisch vollständig.
Öffentliche Repositories und das Whitepaper sind unser Nachweis ernsthafter Technik—auch bevor eine lange Referenzliste von Kund:innen existiert: reproduzierbare Demos, Konformitätstests und klare Lizenzen.
Was ist GA4GH?
Die Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH) ist eine internationale Initiative, die gemeinsame technische Schnittstellen für genomische Daten und Analysen definiert. Partner schließen sich unter klaren Verträgen an, statt jede Verbindung einzeln neu zu bauen.
Synaptic Four verbindet sorgfältige Technik mit einem echten, gelebten Engagement für Neurodiversität und Inklusion von Menschen im Autismus-Spektrum. Das gehört zu unserer DNA—nicht als Marketing-Anhängsel neben der Technik. Mehr dazu: Über uns Autismus
Wir trennen bewusst zwischen Lizenzen, die der gängigen Open-Source-Definition (OSI) entsprechen, und Modellen, bei denen der Code öffentlich ist, aber die Nutzung eingeschränkt ist.
Lizenzen wie Apache-2.0 oder MIT gelten weithin als echtes Open Source: Quellcode öffentlich, Weiternutzung und Änderungen innerhalb der Lizenzbedingungen. HelixTest, ga4gh-infra, Ferrum GA4GH Demo, GA4GH Community Stack und HELIOS stehen unter Apache-2.0 oder MIT.
Die Business Source License ist kein „Open Source“ nach OSI-Definition: Der Code ist sichtbar und für definierte Nutzungen (z. B. nicht-kommerzielle Forschung) oft frei nutzbar; kommerzielle Nutzung ist jedoch eingeschränkt oder später erst freigegeben. Das Ferrum Lab Kit veröffentlichen wir unter BUSL-1.1 – transparent und prüfbar, aber strategisch anders lizenziert als Apache-2.0.
Kommerzielle Produkte (z. B. Ferrum, BioResearch Assistant) können unter BUSL oder anderen Modellen stehen; maßgeblich sind immer die LICENSE-Datei im jeweiligen Repository und die Produktseite.
Ferrum, ga4gh-infra, Ferrum Lab Kit, Ferrum GA4GH Demo und HelixTest bilden eine GA4GH-orientierte Plattform: Identity (Passports, DUO), Daten/Compute (DRS, WES, TES, TRS, Beacon, htsget, Crypt4GH), Deploy-On-Ramps, reproduzierbare Benchmarks und CI-Konformität. Der GA4GH Community Stack (MIT) bietet eine transparente Upstream-Alternative für Lehre und Piloten.
Eigenständige Rust-Konformitäts- und Integrationssuite für GA4GH-orientierte Plattformen: API-Verträge (WES, TES, DRS, TRS, Beacon v2, htsget), Workflow-Ausführung, Cross-Service-E2E (TRS → DRS → WES → TES → Beacon), Passports und Crypt4GH-orientierte Checks—nutzbar für jede kompatible Plattform, nicht nur Ferrum. Ergebnisse sind ein technisches Signal, keine offizielle GA4GH-Zertifizierung.
GitHub →Self-hostbare Rust-Identity-Ebene für GA4GH: OIDC-Brokering, Passport/Visa-Ausstellung, Access Decisions (ADS), DUO-Matching und Service Registry. Co-Deploy mit Ferrum; native ARM/Pi-Builds für Edge-Settings.
GitHub →Reproduzierbare Demo und Benchmark: Ein Kommando startet Ferrum mit TRS · DRS · WES · TES auf einem kleinen GIAB-ähnlichen Subset, danach hap.py gegen Truth. Ausgaben u. a. strukturiertes JSON (DRS-Mikro-Benchmarks: Plain vs. Crypt4GH-at-Rest, optional Client-Header-Timing). Dieses Repository ist Apache-2.0; Ferrum-Upstream bleibt BUSL-1.1.
GitHub →On-Ramp zu Ferrum: Deployment- und Integrations-Layer für Labore, ELIXIR-Knoten-Kandidaten und GDI – ausgewählte GA4GH-Dienste gegen deine Storage-, Scheduler- und Identity-Umgebung. Ergänzt das Hauptrepository Ferrum; JSON-Konformitätsreports sind offen, lizenzierte PDF-Ausgabe siehe Repo.
GitHub →Kuratiertes Open-Source-GA4GH-Deployment-Kit aus Upstream-Implementierungen (Beacon, WES, TES, DRS) mit ehrlichem Vergleich zum Ferrum Lab Kit. Für Lehre, Piloten und Teams mit maximalem Upstream-Transparenz-Bedarf.
GitHub →Genomics-Pipeline-Audit und Validierung: signierte Laufaufzeichnungen, compliance-orientierte Checks, JSON/PDF/RO-Crate-Exporte. Kern OSS unter Apache-2.0; Synaptic Four verkauft Support und optionales Dashboard-Hosting separat—siehe Produktseite.
GitHub →Weitere Repositories (PCMS, SecureCollab, NeuroAttune, Mycelium u. a.) sind auf GitHub indexiert. SecureCollab ist ein Apache-2.0-Proof-of-Concept — nicht für produktive Patientendaten geeignet.
Ferrum: GA4GH-konforme Infrastruktur aus ersten Prinzipien—Motivation, Architektur, HelixTest-Validierung, reproduzierbare GA4GH-Demo-Benchmarks und unsere Arbeitsweise (inkl. transparenter KI-unterstützter Entwicklung).
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