Öffentlicher Code rund um einen GA4GH-orientierten Stack. Konformitätstests, reproduzierbare Demos, quelloffene Infrastruktur—plus klare Lizenz-Einordnung.
Kurz für Entscheider:innen
Warum das relevant ist, wenn du nicht im Stack stecken
Kurzer Kontext in Alltagssprache. GA4GH in einem Satz. Kurz, wie Inklusion zu uns passt. Der Rest der Seite bleibt technisch vollständig.
Öffentliche Repositories und das Whitepaper sind unser Nachweis ernsthafter Technik—auch bevor eine lange Referenzliste von Kund:innen existiert: reproduzierbare Demos, Konformitätstests und klare Lizenzen.
Was ist GA4GH?
Die Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH) ist eine internationale Initiative, die gemeinsame technische Schnittstellen für genomische Daten und Analysen definiert. Partner schließen sich unter klaren Verträgen an, statt jede Verbindung einzeln neu zu bauen.
Synaptic Four verbindet sorgfältige Technik mit einem echten, gelebten Engagement für Neurodiversität und Inklusion von Menschen im Autismus-Spektrum. Das gehört zu unserer DNA—nicht als Marketing-Anhängsel neben der Technik. Mehr dazu: Über uns Autismus
Wir trennen bewusst zwischen Lizenzen, die der gängigen Open-Source-Definition (OSI) entsprechen, und Modellen, bei denen der Code öffentlich ist, aber die Nutzung eingeschränkt ist.
Lizenzen wie Apache-2.0 oder MIT gelten weithin als echtes Open Source: Quellcode öffentlich, Weiternutzung und Änderungen innerhalb der Lizenzbedingungen. Unsere Repositories HelixTest, Ferrum GA4GH Demo, SecureCollab und HELIOS stehen unter Apache-2.0.
Die Business Source License ist kein „Open Source“ nach OSI-Definition: Der Code ist sichtbar und für definierte Nutzungen (z. B. nicht-kommerzielle Forschung) oft frei nutzbar; kommerzielle Nutzung ist jedoch eingeschränkt oder später erst freigegeben. Das Ferrum Lab Kit veröffentlichen wir unter BUSL-1.1 – transparent und prüfbar, aber strategisch anders lizenziert als Apache-2.0.
Kommerzielle Produkte (z. B. Ferrum, BioResearch Assistant) können unter BUSL oder anderen Modellen stehen; maßgeblich sind immer die LICENSE-Datei im jeweiligen Repository und die Produktseite.
Viele Stacks decken nur Teile der GA4GH-Oberfläche ab. Ferrum soll TRS, DRS, WES, TES, htsget, Beacon v2, Passports und Crypt4GH unter einem Gateway betreiben. Querschnitts-Flows (z. B. TRS → DRS → WES → TES → Beacon) sind first-class, nicht nachträglich „zusammengeflickt“. HelixTest prüft das in der CI; das Repo Ferrum GA4GH Demo liefert reproduzierbare Benchmark-Bundles.
Eigenständige Rust-Konformitäts- und Integrationssuite für GA4GH-orientierte Plattformen: API-Verträge (WES, TES, DRS, TRS, Beacon v2, htsget), Workflow-Ausführung, Cross-Service-E2E (TRS → DRS → WES → TES → Beacon), Passports und Crypt4GH-orientierte Checks—nutzbar für jede kompatible Plattform, nicht nur Ferrum. Ergebnisse sind ein technisches Signal, keine offizielle GA4GH-Zertifizierung.
GitHub →Reproduzierbare Demo und Benchmark: Ein Kommando startet Ferrum mit TRS · DRS · WES · TES auf einem kleinen GIAB-ähnlichen Subset, danach hap.py gegen Truth. Ausgaben u. a. strukturiertes JSON (DRS-Mikro-Benchmarks: Plain vs. Crypt4GH-at-Rest, optional Client-Header-Timing). Dieses Repository ist Apache-2.0; Ferrum-Upstream bleibt BUSL-1.1.
GitHub →Mehrparteien-Statistik klinischer Daten mit homomorpher Verschlüsselung (CKKS über TenSEAL): Jede Institution verschlüsselt lokal und lädt Chiffretext hoch; der Server rechnet auf verschlüsselten Vektoren und liefert verschlüsselte Ergebnisse—fremde Rohdaten sieht keine andere Partei, und der Server entschlüsselt im Regelbetrieb keinen Klartext. Schwellwert-Schlüsselanteile bleiben bei den Institutionen. Open Source unter Apache-2.0. Hobby-/Proof-of-Concept-Projekt mit nutzbarem Web-UI—nicht für produktive Patientendaten gedacht; kein formales Sicherheitsaudit und keine Rechtsprüfung.
GitHub →Offener Forschungsprototyp: adaptiver, nicht-diagnostischer Fragebogen mit zehn kontinuierlichen Routing-Dimensionen (F–V), Consent-first-Flows, mehrsprachigen Texten, optionaler Supabase-Protokollierung für Studien sowie optionalen Forschungs-Exporten (z. B. Sitzungs-Bundles, Papier/CSV-Replay, offline-freundliche statische Bank). Das Repository enthält optional größere Fragenpools (~200 Items) mit regionalem Fragewortlaut, sofern konfiguriert; Betreiber:innen setzen einen expliziten Adaptiv-Modus, und ein dokumentierter Forschungsmodus lenkt Studien auf vollständige Sitzungsartefakte statt komprimierter URL-Freigaben. Öffentliche Instanz: map.synapticfour.com. Persönliches Projekt—kein kommerzielles Synaptic-Four-Produkt; siehe Forschungsnotiz unter Publikationen.
GitHub →Genomics-Pipeline-Audit und Validierung: signierte Laufaufzeichnungen, compliance-orientierte Checks, JSON/PDF/RO-Crate-Exporte. Kern OSS unter Apache-2.0; Synaptic Four verkauft Support und optionales Dashboard-Hosting separat—siehe Produktseite.
GitHub →On-Ramp zu Ferrum: Deployment- und Integrations-Layer für Labore, ELIXIR-Knoten-Kandidaten und GDI – ausgewählte GA4GH-Dienste gegen deine Storage-, Scheduler- und Identity-Umgebung. Ergänzt das Hauptrepository Ferrum; JSON-Konformitätsreports sind offen, lizenzierte PDF-Ausgabe siehe Repo.
GitHub →Es kommen weitere Repositories dazu. Die Übersicht aller öffentlichen Repositories finden du auf GitHub.
Ferrum: GA4GH-konforme Infrastruktur aus ersten Prinzipien—Motivation, Architektur, HelixTest-Validierung, reproduzierbare GA4GH-Demo-Benchmarks und unsere Arbeitsweise (inkl. transparenter KI-unterstützter Entwicklung).
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