Code public autour d’une pile orientée GA4GH. Outils de conformité, démos reproductibles, infrastructure source disponible — et une histoire de licences claire.
Pour les décideurs et décideuses
Pourquoi cette page compte si vous n’êtes pas dans la pile
Contexte court et clair. GA4GH en une phrase. Comment l’inclusion nous concerne. Le reste de la page garde la profondeur technique.
Nos dépôts publics et le livre blanc montrent une ingénierie sérieuse avant une longue liste de références clients : démos reproductibles, outils de conformité et licences claires.
Qu’est-ce que GA4GH ?
Le Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH) est une initiative internationale qui définit des interfaces techniques communes pour les données génomiques et les analyses. Les partenaires se connectent avec des contrats clairs au lieu de refaire une intégration sur mesure pour chaque lien.
Synaptic Four associe une ingénierie exigeante à un engagement explicite et vécu envers la neurodiversité et l’inclusion des personnes autistes. Cela fait partie de notre identité — pas un ajout marketing à l’histoire technique. En savoir plus : À propos Autisme
Nous distinguons les licences qui correspondent à la définition Open Source courante (OSI) des modèles où le code est public mais l’usage est restreint.
Des licences comme Apache-2.0 ou MIT correspondent à ce que beaucoup entendent par vrai open source : code public, réutilisation et modification dans les termes de la licence, alignement avec la définition OSI. HelixTest, ga4gh-infra, démo GA4GH Ferrum, GA4GH Community Stack et HELIOS utilisent Apache-2.0 ou MIT.
La Business Source License n’est pas « open source » au sens OSI : le code est visible et souvent gratuit pour des usages définis (p. ex. recherche non commerciale), tandis que l’usage commercial est restreint ou n’est débloqué qu’après une période. Nous publions Ferrum Lab Kit sous BUSL-1.1 — transparent et inspectable, mais stratégiquement différent d’Apache-2.0.
Les produits commerciaux (p. ex. Ferrum, BioResearch Assistant) peuvent utiliser BUSL ou d’autres modèles ; le fichier LICENSE de chaque dépôt et la page produit font foi.
Ferrum, ga4gh-infra, Ferrum Lab Kit, démo GA4GH Ferrum et HelixTest forment une plateforme orientée GA4GH : identité (Passports, DUO), données/calcul (DRS, WES, TES, TRS, Beacon, htsget, Crypt4GH), rampes de déploiement, benchmarks reproductibles et conformité CI. Le GA4GH Community Stack (MIT) offre une alternative upstream transparente pour l’enseignement et les pilotes.
Suite Rust autonome de conformité et d’intégration pour plateformes de style GA4GH : contrats d’API (WES, TES, DRS, TRS, Beacon v2, htsget), exécution de workflows, E2E inter-services (TRS → DRS → WES → TES → Beacon), Passports et contrôles orientés Crypt4GH. Utilisable par toute pile compatible — pas seulement Ferrum. Les résultats sont un signal technique, pas une certification GA4GH officielle.
GitHub →Plan d’identité Rust auto-hébergeable pour GA4GH : courtage OIDC, émission Passport/Visa, décisions d’accès (ADS), appariement DUO et Service Registry. Co-déploiement avec Ferrum ; builds ARM/Pi natifs pour l’edge.
GitHub →Démonstration et benchmark reproductibles : une commande lance Ferrum TRS · DRS · WES · TES sur un petit sous-ensemble de type GIAB, puis hap.py par rapport à la vérité. Les sorties incluent du JSON structuré (p. ex. micro-benchmarks DRS : clair vs Crypt4GH au repos, chronométrage optionnel des en-têtes client). Ce dépôt est Apache-2.0 ; Ferrum en amont reste BUSL-1.1.
GitHub →Rampe d’accès à Ferrum : couche de déploiement et d’intégration pour laboratoires, candidats nœud ELIXIR et participants de type GDI — services GA4GH sélectifs sur votre stockage, ordonnanceur et pile d’identité. Complète le dépôt Ferrum principal ; les rapports de conformité JSON sont ouverts, la sortie PDF sous licence voir le dépôt.
GitHub →Kit de déploiement GA4GH open source curaté à partir d’implémentations upstream (Beacon, WES, TES, DRS) avec comparaison honnête au Ferrum Lab Kit. Pour l’enseignement, les pilotes et les équipes voulant une transparence upstream maximale.
GitHub →Audit et validation de pipelines génomiques : enregistrements d’exécution signés, contrôles orientés conformité, exports JSON/PDF/RO-Crate. Cœur OSS sous Apache-2.0 (PyPI : helios-audit) ; Synaptic Four vend séparément du support et un hébergement de tableau de bord optionnel — voir la page produit.
GitHub →Prototype de recherche ouvert : questionnaire adaptatif non diagnostique avec dix dimensions de routage continues (F–V), flux avec consentement, textes multilingues, journalisation Supabase optionnelle pour les études, et exports orientés recherche (p. ex. paquets de session, rejouage papier/CSV, banque statique hors ligne). Le dépôt inclut aussi des banques d’items plus grandes (~200 incitations) avec paquets de formulations régionaux lorsque c’est configuré ; les exploitants fixent une politique adaptative explicite, et un mode recherche documenté oriente les études vers des artefacts de session complets plutôt que vers des partages d’URL compressés. Instance publique : map.synapticfour.com. Projet personnel — pas un produit commercial Synaptic Four ; voir la note de recherche sous Publications.
GitHub →Plateforme de recherche sur site : exploration documentaire, pseudonymisation, export MII/FHIR, interfaces GA4GH, module Locus RAG optionnel, BLAST, ELN et export FAIR. Accès au dépôt sur demande ; usage commercial en production soumis à licence selon LICENSE.
Demander l’accès au dépôt →Messagerie en maillage pair à pair lorsque l’infrastructure centrale faiblit — sans numéro de téléphone, WiFi/BLE hors ligne, bêta privée précoce. Application Android et relais ; AGPL-3.0 — accès au dépôt sur demande.
Demander l’accès au dépôt →Logiciels qui mettent en œuvre le Cognitive Landscape Research Programme (CLRP). La documentation technique est dans chaque dépôt ; CLRP définit les principes du programme et les normes de validation.
Adaptive web research instrument
Computational model library
Constitution du programme et rapports de validation : Hub du programme de recherche .
D’autres dépôts sur GitHub : SecureCollab (preuve de concept Apache-2.0), NeuroAttune (accès sur demande), Mycelium (messagerie maillage AGPL-3.0), SynaptiSec (démo et source sur arrangement). SecureCollab n’est pas prêt pour des données patient en production.
Ferrum : construire une infrastructure conforme GA4GH comme pratique de premiers principes — motivation, architecture, contrôles de conformité HelixTest, benchmarks de la démo GA4GH, et notre façon de travailler (y compris ingénierie assistée par IA transparente).
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